Bueno, voy a intentar contestarte un poco lo que pueda.
1) Efectivamente, tienes unos flickeos feos feos...quizás lo menos recomendable es haber tirado en AV. Lo mejor es en manual. Aún así, tirando en AV no deberías tener esos flickeos tan raros, ¿que ISO y que velocidad metiste?. Que yo sepa, no es posible tirar fotos a más de 1FPS. Es decir, sí puedes en modo ráfaga, pero el buffer se te llena enseguida. Y más en la 400D que tienes, aún usando tarjeta rápida. Las nubes yo generalmente las he tirado a cada 3 segundos. Si eso era a cada segundo, entonces sí que iban rápidas.
2) Por eso te decía lo del buffer, porque en la 400D, tirando a 1FPS se te llena rápidamente. Usando una tarjeta rápida lo alargas, pero tarde o temprano acaba llenando el buffer, y por eso se para. Si además están tiradas a la mínima resolución, entonces probablemente sea tema de tarjeta, tiene que ser rápida.
3) Las secuencias con estrellas, en ciudad suelen dar mal resultado por la contaminación lumínica, asique no te desesperes, es absolutamente normal. También aprecio que es posible que la camara no esté enfocando correctamente. Yo suelo autoenfocar, hago foto de prueba, y si está en foco (haciendo zoom a la imagen que he sacado foto), quito el enfoque automático y estabilizador, y a tirar.